本COEでは、以下２つの都市地震工学特別コースを設けている。
- アカデミックコース：先端的かつ高度な専門知識を持ち、世界の第一線で活躍できる研究者を育成するコース。
- 実践コース：スクーリング（授業と演習）やオンジョブトレーニング、インターンシップの比重を高め、即戦力となるエンジニアを養成するコース。
- アカデミックコースの入学者は、国内外の地震工学、地震防災分野の博士課程前期（修士課程）を修了し、十分な基礎的専門知識を有し、研究者をめざす学生群を対象とする。実践コースの入学者は、他分野を専攻してきた学生、国際機関、国、自治体や企業等の実務経験を有する社会人を主な対象とする
- 両コースでは、将来、研究者、専門家として活躍できる研究・教育の基礎力、実践力を育てるため、都市地震工学における様々な英語、日本語の授業科目が用意されている。また、広い視野と柔軟な思考力、国際コミュニケーション能力、独創的・萌芽的発想力を育てるため、外国招聘教員による英語授業や指導、国際会議発表、海外研修、オンジョブトレーニング、提案型研究に対する助成など、様々な施策が用意されている。とくに、アカデミックコースでは、Advanced Technical Communication Skills I および 同II を原則必修（TOEFL等の英語能力検定試験において所定の成績を有するなど高い英語能力が確認された場合をのぞく）とし、国際社会で活躍できるコミュニケーション能力の育成に努める。また、これらの達成度を参考にしながら、RAの採用、若手研究費の配分、海外研修への支援などをアカデミックコースの入学者に対して優先的に行う。
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